نين جوتسو، اين هنر افسون كننده ژاپن كهن كه هنوز مجهولات فراواني را در خود نگه داشته است، در لغت به معناي هنر حركت پنهاني است . نين جوتسو شيوه ايست به وجود آمده براي دفاع از خويشتن و رسيدن به مهارتهاي ويژه رزمي براي غلبه بر دشمن .

دانشجويان و شاغلين اين هنر رزمي را نينجا مي نامند . به طور مختصر مي توان در مورد تاريخچه اين هنر رزمي گفت كه كه طبق شواهد موجود در قرن ششم ميلادي مذهب ((بوديسم)) وارد كشور ژاپن شد و باعث به وجود آمدن چالش بين دو مذهب ((شينتوئيسم)) شد كه مذهب ملي آن دوران بود . طرفتاران مذهب بوديسم به روايتي همان پيشينيان نينجا بودند و در اوايل قرن هفتم براي فرار از آزار و شكنجه مذهبيون و كشته شدن توسط نيروهاي سلطنتي به جنگلها و كوهستانهاي نزديك كيوتو (كوههاي سوزوكا) رفتند بعدها يامابوشي يا ((زاهدان كوهستان)) نام گرفتند . آنها با محيط سازگاري كردند و مجبورشدند براي زنده ماندن و دفاع ازخويشتن، سرسختانه مبارزه كنند . آنها فلسفه عارفانه خود را بر پايه واقع بيني عملي پايه گذاري كردند و براي پايداري و حمايت ازخود، دانش و تمرين هنرهاي رزمي و استراتژي نظامي را با رعب و ترس رواني و قدرتهاي اسرارآميز تركيب كردند تا بتوانند با نيروي كم خود در دشمن(نيروي سلطنتي) ايجاد ترس كنند .

به عقيده برخي از محققان، اولين سند نوشته شده اي كه در آن از نين جوتسو نام برده شده، كتابي است سيزده جلدي، مربوط به مهارتها و استراتژي نظامي با نام ((هنررزم)). اين كتاب در دوران وارنيگ ( 221-770 قبل از ميلاد) توسط ژنرال چيني سان تزو نوشته شده است . استفاده از نين جوتسو به عنوان يك تاكنيك نظامي در آخرين جلد كتاب و در بخشي به نام يوما شرح داده شده است . اين كتاب توسط مهاجران چيني همراه آيين بوديسم به ژاپن آورده شد؛ هر چند اين اطلاعات كاملا دقيق نيستند .

گفته شده است كه مبدع نينجاها در دو سرزمين ((كوگا)) و((ايگا)) بود . كوگا در مكان كنوني شهر كوگا در حوزه شيگا ( Shiga ) واقع شده بود . ايگا هم درمكان كنوني شهر آياما ( Ayama ) در منطقه مايه قرار داشت . در آن زمان هر نقطه قوانين قبيله اي خاص خود را داشت . كوگا و ايگا از از نظر جغرافيايي بهترين محل براي يافتن استراتژي و تمرينات مرتاضانه براي نينجا يا همان يامابوشي ( Yamabushi ) بود .

از اطلاعات مستند به دست آمده، اين گونه پيداست كه در بين سالهاي 1192 تا 1333 بعد از ميلاد، تعداد مكتبهاي نينجا به 25 رسيده بود كه هر يك در مورد سياست و استفاده از فنون، اختلاف نظر داشتند . در آن زمان، فنون وشيوه هاي اسرارآميز نين جوتسو و نحوه جنگ آوري از پدران به پسران و دختران منتقل ميشد و نسل به نسل ادامه مي يافت .

معروفترين خانواده هاي نينجا((هاتوري))،((موموچي))و((فوجي باياشي)) بودند .

هاتوري هانزو ( Hattori Hanzo ) يكي از خدمتكاران توكوگا و آياسو طي دوران جنگ سيويل بود . وي كسي است كه هنوز در توكيو پايتخت ژاپن از او ياد مي شود . او يك رهبر بزرگ درطول تاريخ هنرهاي رزمي نين جوتسو به شمارميرود . به روايت تاريخ نويسان،دوره((كاماكورا)) ( 1192 تا 1333 ) به عنوان يك دوره طلايي براي نين جوتسو شناخته شده است . چرا كه پيروزي در بيشتر جنگها و نفوذ در دولت وقت آن زمان، امتيازات فراواني را براي آنها به وجود آورده بود . در طول اين مدت حدود 50 مدرسه مختلف نينجا در پناهگاههايشان در ايالت ايگا و كوگا به وجود آمد . گروه هاتوري و اوبي مشتركاّ بر ايگا حكومت مي كردند، در حالي كه در ايالت كوگا در شمال، خاندان موشي زوكي، يوكائي و ناكائي حاكم بودند .